#1 20-05-2009 20:07:28

Viny
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[Biomédical] Simap

SIMAP (Similarity Matrix of Proteins)

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/simaplogo.gif
URL du projet : http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

Stats de l'EDLS sur MYBOINC
Stats de l'EDLS sur SETIBZH
Classement des miniteams sur ce projet (site SETIBZH)

Classement de l'EDLS sur Formula MT


But : Calculer des similitudes et des domaines de protéines permettant de tenir à jour une base de données libre pour l'éducation et la recherche publique.
SIMAP consiste à construire une grande base de donnée des séquences similaires et des domaines de protéine. Cette base de données contiendra à terme toute les protéines tombées dans le domaine publique et sera continuellement mise à jour.

IMAP est un projet commun du centre national de recherches GSF pour l'environnement et la santé, de l'université technique de Munich, et du centre de la vie et des sciences de l'alimentation Weihenstephan.

L'utilisation des résultats de SIMAP est entièrement libre pour l'éducation et la recherche publique.


Qu'est-ce que SIMAP ?
SIMAP est une base de données de similitude entre protéines. Celle-ci rassemble toutes les séquences de protéines actuellement publiées et est continuellement mise à jour. Les similtudes entre protéines sont calculées à l'aide de l'algorithme FASTA qui fournit la vitesse optimale et la sensibilité nécessaire. SIMAP est à notre sens le seul projet qui combine les vastes connaissances de toutes les protéines actuellement connues et la capacité à en découvrir d'autres progressivement.

En quoi SIMAP est-il utile ?
Du fait de la quantité énorme de séquences de protéines connues dans les bases de données publiques, il est devenu clair que la plupart d'entre-elles ne seront pas expérimentalement traitées dans un avenir proche . Néanmoins, les protéines qui se sont développées à partir d'un ancêtre commun partagent souvent les mêmes fonctions (dites orthologues). Donc, il est possible de déduire la fonction d'une protéine orthologue non-caractérisée avec la fonction connue. Un exemple bien connu sont les investigations sur les gènes et les protéines de souris . Leurs résultats valent aussi pour les gènes et les protéines orthologues humains dans de nombreux cas. Les similitudes entre protéines fournissent des informations sur les relations entre elles et sont nécessaires à la prévision d'orthologues. Il y a de nombreuses méthodes bio-informatiques sur lequelles ont peut s'appuyer concernant la similitude entre protéines. Notre base de données de similitude entre protéines fournit des données de similitude pré-calculées et représente l'espace connu de protéines. Cela ouvre vraiment de nouvelles perspectives comparé à la méthode communément utilisée qui consiste à recalculer de manière répétitive ce type de données. SIMAP est régulièrement mis à jour. La matrice de similitude est simplement étendue de manière incrémentale si de nouvelles séquences arrivent. L'utilisation de SIMAP est complètement gratuite pour l'Éducation et la Recherche Publique.

Pourquoi avons-nous besoin du calcul distribué pour SIMAP ?

Les dépenses informatiques pour calculer les données de similitude dépendent de la taille du nombre de séquences contenues. Donc l'effort de calcul informatique pour tenir la matrice à jour augmente constamment . Nos ressources internes qui exécutent des calculs pour SIMAP depuis des années ne sont plus suffisantes pour traiter toutes les nouvelles séquences. C'est pourquoi nous avons mis en oeuvre un client SIMAP compatible avec la plateforme BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) qui est basé sur l'algorithme FASTA pour détecter des similitudes de séquences. Nous accomplissons maintenant les derniers essais et sommes sur le point de commencer un projet basé sur BOINC qui contribuera bientôt aux calculs de similitude SIMAP.

Quelles sont les institutions à l'origine de SIMAP ?
SIMAP est un projet commun du Centre de Recherches National GSF pour l'Environnement et la Santé, Neuherberg et l'Université Technique de Munich, le Centre de Vie et Science d'Alimentation Weihenstephan (tous basés en Allemagne).
Pour toute information, veuillez contacter Thomas Rattei (Département de Génome Bio-informatique Orientée, TU Munich)
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/mipslogo.gif
Traduit par Nuxi@ pour Le Freenaute.


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Viny
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#2 31-05-2009 14:21:24

Pascal94
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Re: [Biomédical] Simap

May 30, 2009

New Workunits in the evening (UTC) of June 01

New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 650.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP in May, will start in the evening (UTC) of June 1st.

si ça vous tente une bourre de quelques jours, y'a du monde sur les starting blocs big_smile


« Je ne sais pas quelles armes seront utilisées pour la troisième guerre mondiale, si elle a lieu. Mais la quatrième se règlera à coups de massues. » {Albert Einstein}

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#3 31-05-2009 14:50:32

Viny
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Re: [Biomédical] Simap

lu sur le site de SIMAP (j'ai passé l'info au traducteur)

Etat du projet
Calcul de SIMAP commence les mises à jour prochainement.
Le calcul des nouveaux Simap workunits contenant de nouvelles séquences de bases de données publiques importées en Mai 2009 (Simap app) et de leurs domaines (hmmer app) débutera dans la soirée (UTC) du 1er Juin.

Moi ça me tente je m'inscrit
p+1


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Viny
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#4 01-06-2009 08:13:50

Krest
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Re: [Biomédical] Simap

Viny a écrit:

lu sur le site de SIMAP (j'ai passé l'info au traducteur)

Etat du projet
Calcul de SIMAP commence les mises à jour prochainement.
Le calcul des nouveaux Simap workunits contenant de nouvelles séquences de bases de données publiques importées en Mai 2009 (Simap app) et de leurs domaines (hmmer app) débutera dans la soirée (UTC) du 1er Juin.

Moi ça me tente je m'inscrit
p+1

ca a également été traduit par Heyoka sur le site de l'AF

edit : ca y est, inscrit aussi, j'ai mis toutes mes bécanes dans les starting-blocks, j'espère qu'il y en aura assez pour tout le monde big_smile

Dernière modification par Krest (01-06-2009 08:36:19)


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#5 01-06-2009 11:10:43

pas93
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Re: [Biomédical] Simap

J'adore Simap cool

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#6 01-06-2009 12:21:27

dimi
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Re: [Biomédical] Simap

Oui mais je crois qu' il y avait pas beaucoup eut d' unités pour ce projet


/!\||---> DiMi
Si le mode sans échec de windows fonctionne, c' est que le mode normal de windows est un échec

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#7 01-06-2009 20:25:39

Krest
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Re: [Biomédical] Simap

quelqu'un a commencé à recevoir des UT ce soir ?


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#8 01-06-2009 20:46:10

Pascal94
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Re: [Biomédical] Simap

pas encore...


« Je ne sais pas quelles armes seront utilisées pour la troisième guerre mondiale, si elle a lieu. Mais la quatrième se règlera à coups de massues. » {Albert Einstein}

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#9 01-06-2009 20:53:44

Krest
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Re: [Biomédical] Simap

ca y est, j'en ai eu 36 d'un coup, mais j'ai du mettre mon cache à 10 jours, et suspendre tous les autres projets sad


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#10 01-06-2009 21:28:08

Krest
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Re: [Biomédical] Simap

ca y est, Gul, TAx, rom_185 et Gegen sont les premiers chez nous à avoir rendu des résulats à 23h. Go go go big_smile


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#11 02-06-2009 00:26:23

Viny
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Re: [Biomédical] Simap

J'en ai eu une !!!

neutral


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#12 02-06-2009 06:09:34

Krest
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Re: [Biomédical] Simap

Viny a écrit:

J'en ai eu une !!!

neutral

oui, ca dur d'en avoir beaucoup hmm


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#13 02-06-2009 12:18:39

TaxxorbaK
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Re: [Biomédical] Simap

Viny a écrit:

J'en ai eu une !!!

neutral

C'est bien, ça veut dire que tu es un garçon mon grand ! wink

big_smile

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#14 02-06-2009 12:30:30

Krest
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Re: [Biomédical] Simap

Taxx, toujours le même;)


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#15 02-06-2009 16:51:34

Viny
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Re: [Biomédical] Simap

TaxxorbaK a écrit:

Viny a écrit:

J'en ai eu une !!!

neutral

C'est bien, ça veut dire que tu es un garçon mon grand ! wink

big_smile

fredodido18

Il n'en rate pas une.


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#16 02-06-2009 17:25:11

Pascal94
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Re: [Biomédical] Simap

TaxxorbaK a écrit:

Viny a écrit:

J'en ai eu une !!! neutral

C'est bien, ça veut dire que tu es un garçon mon grand ! wink big_smile

mouhahaha lol

j'adore cette équipe de fous aia

Dernière modification par Pascal94 (02-06-2009 17:26:30)


« Je ne sais pas quelles armes seront utilisées pour la troisième guerre mondiale, si elle a lieu. Mais la quatrième se règlera à coups de massues. » {Albert Einstein}

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#17 02-06-2009 17:42:46

frederic abussan
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Re: [Biomédical] Simap


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